學院內設綜合管理部、人力資源部（黨委辦公室）、紀檢監察審計部、計劃財務部、科學研究部、教育培訓部、教學研究部、對外交流與培訓開發部等8個內設部門，并下設深投教育公司、深圳市經理進修學院、荔園酒店、港澳分院等直屬機構。
